ਜਾਣਕਾਰੀ

ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਸਭ ਤੋਂ ਲੰਬੀਆਂ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ

ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਸਭ ਤੋਂ ਲੰਬੀਆਂ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

ਕੀ ਕਿਸੇ ਨੂੰ ਪਤਾ ਹੈ ਕਿ ਕਿਹੜੇ ਜੀਨ ਸਭ ਤੋਂ ਲੰਬੇ mRNA ਪੈਦਾ ਕਰਦੇ ਹਨ? ਮੈਂ ਸਿੰਥੈਟਿਕ ਇੰਟ੍ਰੋਨਸ 'ਤੇ ਇੱਕ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਦੀ ਯੋਜਨਾ ਬਣਾ ਰਿਹਾ ਹਾਂ ਅਤੇ ਇੰਟ੍ਰੋਨ ਆਕਾਰ ਨੂੰ ਬਦਲਣ ਲਈ ਸਟੱਫਰ ਦੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨਾ ਚਾਹੁੰਦਾ ਹਾਂ। ਸਪੱਸ਼ਟ ਹੈ ਕਿ ਉਹਨਾਂ ਵਿੱਚ ਕੋਈ ਵੀ ਸਪਲਿਸਿੰਗ ਸਾਈਟਾਂ ਨਹੀਂ ਹੋਣੀਆਂ ਚਾਹੀਦੀਆਂ, ਇਸਲਈ ਮੈਂ ਸੀਡੀਐਨਏ ਕਲੋਨ ਖਰੀਦਣ ਦੀ ਯੋਜਨਾ ਬਣਾ ਰਿਹਾ ਹਾਂ.

ਇਹ ਅਵਿਸ਼ਵਾਸ਼ਯੋਗ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਸ਼ੰਸਾਯੋਗ ਹੋਵੇਗਾ ਜੇਕਰ ਕੋਈ 12… 20 kbp ਲੰਬੀਆਂ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ 'ਤੇ ਉਂਗਲ ਉਠਾ ਸਕਦਾ ਹੈ (ਅਤੇ ਆਦਰਸ਼ਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਕੋਈ ਹੋਰ ਜਾਣਿਆ-ਪਛਾਣਿਆ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਜਾਂ ਕ੍ਰਿਪਟਿਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਸਾਈਟ ਨਹੀਂ ਹੈ)।

ਤੁਹਾਡਾ ਧੰਨਵਾਦ!


ਆਰ ਨੂੰ!

  1. ਮਾਊਸ ਲਈ ਜੈਨਕੋਡ ਤੋਂ ਸਭ ਤੋਂ ਵਿਆਪਕ GTF ਫਾਈਲ ਡਾਊਨਲੋਡ ਕਰੋ।
  2. R ਵਿੱਚ ਹੇਠਾਂ ਦਿੱਤੇ ਕੰਮ ਕਰੋ (ਮੈਂ ਕੋਡ ਵਿੱਚ ਟਿੱਪਣੀਆਂ ਪਾਵਾਂਗਾ ਤਾਂ ਜੋ ਤੁਸੀਂ ਉਮੀਦ ਨਾਲ ਪਾਲਣਾ ਕਰ ਸਕੋ):
library(GenomicFeatures) #GTF ਫਾਈਲ ਨੂੰ ਲੋਡ ਕਰੋ ਅਤੇ ਇੱਕ TxDb ਆਬਜੈਕਟ ਬਣਾਓ txdb = makeTxDbFromGFF("gencode.vM13.annotation.gtf", format="gtf") # ਇੱਕ GRangesList ਬਣਾਓ, ਪ੍ਰਤੀ ਜੀਨ ਦੇ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਵੰਡਣ ਦੇ ਨਾਲ, grybxdb = transcripts by="gene") # ਇੱਕ ਐਨੋਟੇਟਡ ਆਈਸੋਫਾਰਮ grl2 = grl[which(elementNROWS(grl) == 1)] ਨਾਲ ਜੀਨਾਂ ਲਈ GRangesList ਨੂੰ ਫਿਲਟਰ ਕਰੋ # ਉਪਰੋਕਤ grl = exonsBy(txdb, ਦੁਆਰਾ ="gene") grl = grl[which(names(grl) %in% singleIsoformGenes)] # ਹਰੇਕ ਸਿੰਗਲ-ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਜੀਨ ਲੈਂਸ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰੋ = ਜੋੜ(ਚੌੜਾਈ(grl)) # ਲੰਬਾਈ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰ ਚੋਟੀ ਦੇ 10 ਸਿੰਗਲ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਜੀਨ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰੋ ਸਿਰ(ਲੈਂਸ[ਕ੍ਰਮ(ਲੈਂਜ਼, ਘਟਦਾ=ਟੀ)], n=10)

ਫਿਰ ਤੁਸੀਂ ਹੇਠਾਂ ਦਿੱਤੀ ਆਉਟਪੁੱਟ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਦੇ ਹੋ, ਸਿਖਰ 'ਤੇ ਜੀਨ ਆਈਡੀ ਅਤੇ ਇਸਦੇ ਹੇਠਾਂ ਲੰਬਾਈ ਦੇ ਨਾਲ:

ENSMUSG00000020255.8 ENSMUSG00000101609.1 ENSMUSG00000104211.1 123179 84395 74456 ENSMUSG00000109536.1 ENSMUSG00000109125.1 ENSMUSG00000047888.9 30942 25241 17327 ENSMUSG00000022262.7 ENSMUSG00000066108.7 ENSMUSG00000033826.9 15630 14964 14583 ENSMUSG00000032855.5 14170

NCBI RefSeq ਦੀ ਚੋਣ ਕਰੋ

RefSeq ਸਿਲੈਕਟ ਡੇਟਾਸੈਟ ਵਿੱਚ ਹਰੇਕ ਪ੍ਰੋਟੀਨ-ਕੋਡਿੰਗ ਜੀਨ ਲਈ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਜਾਂ "ਚੁਣੋ" ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦੀ ਹੈ। ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਨੂੰ ਬਹੁ-ਚੋਣ ਮਾਪਦੰਡਾਂ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਇੱਕ ਸਵੈਚਲਿਤ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਦੁਆਰਾ ਚੁਣਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਕਲੀਨਿਕਲ ਡੇਟਾਬੇਸ (ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਲੋਕਸ ਰੈਫਰੈਂਸ ਜੀਨੋਮਿਕ), ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਸਮੀਕਰਨ, ਕੋਡਿੰਗ ਖੇਤਰ ਦੀ ਸੰਭਾਲ, ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਅਤੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਅਤੇ ਸਵਿਸ-ਪ੍ਰੋਟ ਕੈਨੋਨੀਕਲ ਨਾਲ ਮੇਲ-ਮਿਲਾਪ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। isoform. RefSeq ਸਿਲੈਕਟ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪੁਰਾਲੇਖ ਕੀਤੇ ਡੇਟਾ ਦੁਆਰਾ ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਸਮਰਥਿਤ ਹੁੰਦੀ ਹੈ, ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਜੀਨ ਦੇ ਜੀਵ ਵਿਗਿਆਨ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।


ਪਿਛੋਕੜ

ਪੌਦਿਆਂ ਨੂੰ ਆਪਣੇ ਜੀਵਨ ਚੱਕਰਾਂ ਦੌਰਾਨ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਪਰਿਵਰਤਨਸ਼ੀਲ ਵਾਤਾਵਰਣਕ ਤਣਾਅ ਦਾ ਸਾਹਮਣਾ ਕਰਨਾ ਪੈਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਖਾਰੇਪਣ ਦਾ ਤਣਾਅ ਵਿਕਾਸ ਅਤੇ ਉਤਪਾਦਕਤਾ ਲਈ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਰੁਕਾਵਟਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਗੁਣਵੱਤਾ ਅਤੇ ਉਪਜ [1] ਲਈ ਜ਼ਿੰਮੇਵਾਰ ਹੈ। ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਖਾਰਾਪਣ ਪੌਦਿਆਂ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਵਿੱਚ ਦਖ਼ਲਅੰਦਾਜ਼ੀ ਕਰਦਾ ਹੈ ਕਿਉਂਕਿ ਇਹ ਪੌਦਿਆਂ 'ਤੇ ਦੋ ਮੁੱਖ ਦਬਾਅ ਪਾਉਂਦਾ ਹੈ: ਹਾਈਪਰੋਸਮੋਟਿਕ ਦਬਾਅ, ਪਾਣੀ ਦੀ ਘੱਟ ਉਪਲਬਧਤਾ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ, ਅਤੇ ਆਇਨ ਜ਼ਹਿਰੀਲੇਪਣ (ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ Na +), ਘੁਲਣਸ਼ੀਲ ਅਸੰਤੁਲਨ [2] ਤੋਂ ਪੈਦਾ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਪੌਦਿਆਂ ਲਈ ਇਸ ਤਣਾਅ ਵਾਲੀ ਸਥਿਤੀ ਵਿੱਚ ਬਚਣ ਲਈ, ਉਹ ਸਖ਼ਤ ਸਰੀਰਕ ਅਤੇ ਜੀਵ-ਰਸਾਇਣਕ ਤਬਦੀਲੀਆਂ [3] ਦੀ ਇੱਕ ਲੜੀ ਦੁਆਰਾ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਰੱਖਿਆ ਪ੍ਰਣਾਲੀਆਂ ਨੂੰ ਨਿਯੁਕਤ ਕਰਨਗੇ। ਇਹਨਾਂ ਸੋਧਾਂ ਵਿੱਚ ਸੈੱਲ ਝਿੱਲੀ ਦੀ ਅਖੰਡਤਾ ਨੂੰ ਕਾਇਮ ਰੱਖਣਾ, ਪਾਣੀ ਦੇ ਸੰਤੁਲਨ ਨੂੰ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਕਰਨਾ, ਪ੍ਰਤੀਕਿਰਿਆਸ਼ੀਲ ਆਕਸੀਜਨ ਸਪੀਸੀਜ਼ (ਆਰ.ਓ.ਐਸ.) ਨੂੰ ਸਾਫ਼ ਕਰਨਾ, ਅਤੇ ਅਨੁਕੂਲ ਘੋਲ ਨੂੰ ਇਕੱਠਾ ਕਰਨਾ, ਅਤੇ ਨਾਲ ਹੀ ਸੈਲੂਲਰ ਆਇਓਨਿਕ ਸੰਤੁਲਨ [4] ਨੂੰ ਬਹਾਲ ਕਰਨਾ ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਸਾਰੇ ਆਈਕ ਓਸਮੋਟਿਕ ਨੁਕਸਾਨ ਨੂੰ ਘਟਾਉਣ ਲਈ ਸਮਰਪਿਤ ਹਨ। ਖਾਰੇਪਣ ਦੇ ਕਾਰਨ.

ਪ੍ਰਤੀਕੂਲ ਵਾਤਾਵਰਣਾਂ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲ ਪੌਦਿਆਂ ਦੀਆਂ ਸਰੀਰਕ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਆਵਾਂ ਸਾਰੇ ਸਿਗਨਲ ਮਾਰਗਾਂ [5] ਦੇ ਅੰਦਰ ਅਣੂ ਨੈੱਟਵਰਕਾਂ ਦੇ ਕੈਸਕੇਡਾਂ ਦੇ ਸਰਗਰਮ ਹੋਣ 'ਤੇ ਸ਼ੁਰੂ ਹੁੰਦੀਆਂ ਹਨ। ਸਿਗਨਲ ਮਾਰਗਾਂ ਵਿੱਚ, ਉੱਚ ਖਾਰੇਪਣ ਦਾ ਪੱਧਰ ਅਕਸਰ cytosolic Ca 2+, ROS, ਅਤੇ ABA ਵਿੱਚ ਵਾਧਾ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸਿਗਨਲ ਟ੍ਰਾਂਸਡਕਸ਼ਨ ਕੰਪੋਨੈਂਟ ਹਨ [6]। ਐਕਟੀਵੇਟਿਡ Ca 2+ , ROS, ਅਤੇ ABA ਸਿਗਨਲ ਕੈਸਕੇਡਜ਼ ਡਾਊਨਸਟ੍ਰੀਮ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਕਾਰਕਾਂ (TFs), ਜਿਵੇਂ ਕਿ AP2-EREBPs, MYBs, ਅਤੇ bHLHs ਨੂੰ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਕਰਕੇ ਪੌਦਿਆਂ ਦੇ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਨੂੰ ਹੋਰ ਬਦਲਦੇ ਹਨ। ਇਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਇਹ TF ਵੱਖ-ਵੱਖ ਅਸਮੋਟਿਕ ਤਣਾਅ-ਜਵਾਬਦੇਹ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਵਿੱਚ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣ ਸਕਦੇ ਹਨ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ P5CSs ਅਤੇ COR15As, ਅਤੇ ਆਇਓਨਿਕ ਤਣਾਅ-ਜਵਾਬਦੇਹ ਜੀਨ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ NHXs ਅਤੇ HKTs, ਜੋ ਆਖਿਰਕਾਰ ਪੌਦੇ ਦੀ ਖਾਰੇਪਣ ਸਹਿਣਸ਼ੀਲਤਾ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਉਂਦੇ ਹਨ [7, 8]। ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ, ਖਾਰੇਪਣ ਦੇ ਤਣਾਅ ਦਾ ਜਵਾਬ ਦੇਣ ਵਾਲੇ ਪੌਦਿਆਂ ਦੇ ਕਈ ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਵਾਲੇ ਸੰਕੇਤ ਮਾਰਗ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਕੈਲਸ਼ੀਅਮ-ਨਿਰਭਰ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਕਿਨੇਜ਼ (CDPK) ਮਾਰਗ, ਜੋ ਕਿ ਔਸਮੋਟਿਕ ਤਣਾਅ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਆ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਣ ਭੂਮਿਕਾ ਅਦਾ ਕਰਦਾ ਹੈ [9] ਲੂਣ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਸੰਵੇਦਨਸ਼ੀਲ (SOS) ਮਾਰਗ। , ਜੋ ਕਿ ਸਾਇਟੋਪਲਾਜ਼ਮ ਤੋਂ Ca 2+ ਸਪਾਈਕਸ ਦੁਆਰਾ ਕਿਰਿਆਸ਼ੀਲ ਹੁੰਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਸੈਲੂਲਰ ਆਇਨ ਹੋਮਿਓਸਟੈਸਿਸ [10] ਅਤੇ ਕੈਲਸੀਨਿਊਰਿਨ ਬੀ-ਵਰਗੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ-ਸੀਬੀਐਲ-ਇੰਟਰੈਕਟਿੰਗ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਕਿਨਾਸੇਸ (ਸੀਬੀਐਲ-ਸੀਆਈਪੀਕੇ) ਮੋਡੀਊਲ ਨੂੰ ਕਾਇਮ ਰੱਖ ਕੇ ਆਇਓਨਿਕ ਨੁਕਸਾਨ ਨੂੰ ਦੂਰ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਦੋਵਾਂ ਦਾ ਮੁਕਾਬਲਾ ਕਰਨ ਲਈ ਜ਼ਰੂਰੀ ਹੈ। ਅਸਮੋਟਿਕ ਅਤੇ ਆਇਓਨਿਕ ਤਣਾਅ [11]. ਇਹਨਾਂ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆਵਾਂ ਦੇ ਵੇਰਵੇ ਵਿੱਚ ਕੀਤੀ ਗਈ ਪ੍ਰਗਤੀ ਦੇ ਬਾਵਜੂਦ, ਖਾਰੇਪਣ ਪ੍ਰਤੀ ਪੌਦਿਆਂ ਦੇ ਜਵਾਬ ਦੇ ਅੰਤਰੀਵ ਤੰਤਰ ਨੂੰ ਹੋਰ ਖੋਜ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ, ਖਾਸ ਕਰਕੇ ਗੈਰ-ਮਾਡਲ ਪੌਦਿਆਂ ਵਿੱਚ।

ਅਲਫਾਲਫਾ (Medicago sativa L.), ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਧ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਕਾਸ਼ਤ ਕੀਤੀ ਜਾਣ ਵਾਲੀ ਸਦੀਵੀ ਚਾਰੇ ਵਾਲੀ ਫਲ਼ੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਦੁਨੀਆ ਭਰ ਵਿੱਚ 40 ਮਿਲੀਅਨ ਹੈਕਟੇਅਰ ਤੋਂ ਵੱਧ ਬੀਜੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ [12]। ਇਸ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਨੂੰ "ਚਾਰਿਆਂ ਦੀ ਰਾਣੀ" ਵਜੋਂ ਜਾਣਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਇਸਨੂੰ ਪਰਾਗ, ਸਿਲੇਜ, ਅਤੇ ਰੂਮੀਨੈਂਟਸ ਅਤੇ ਡੇਅਰੀ ਉਤਪਾਦਨ ਲਈ ਚਰਾਗਾਹ ਵਜੋਂ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ [13]। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਐਲਫਾਲਫਾ ਕੋਲ ਈਥਾਨੌਲ ਉਤਪਾਦਨ [14] ਲਈ ਬਾਇਓਫਿਊਲ ਫੀਡਸਟੌਕ ਵਜੋਂ ਕਾਫ਼ੀ ਸਮਰੱਥਾ ਹੈ। ਚੀਨ ਵਿੱਚ, ਐਲਫਾਲਫਾ ਪੌਦੇ ਲਗਾਉਣ ਦੇ ਖੇਤਰ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਉੱਤਰੀ, ਉੱਤਰ ਪੱਛਮੀ ਅਤੇ ਉੱਤਰ-ਪੂਰਬੀ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਵੰਡੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ [15]। ਬਦਕਿਸਮਤੀ ਨਾਲ, ਉਹਨਾਂ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਮਿੱਟੀ ਦਾ ਖਾਰਾਕਰਨ ਨਾਟਕੀ ਢੰਗ ਨਾਲ ਵਧ ਰਿਹਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਐਲਫਾਲਫਾ [16] ਦੀ ਉਤਪਾਦਕਤਾ ਅਤੇ ਨਿਰੰਤਰਤਾ ਨੂੰ ਨਾਟਕੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸੀਮਤ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਲਈ, ਐਲਫਾਲਫਾ ਵਿੱਚ ਖਾਰੇਪਣ ਦੇ ਤਣਾਅ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲਤਾ ਦੇ ਅਣੂ ਵਿਧੀਆਂ 'ਤੇ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨਾ ਲਾਜ਼ਮੀ ਹੈ।

ਪਿਛਲੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ ਅਨੁਕੂਲ ਘੋਲ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਤਣਾਅ-ਸਬੰਧਤ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਓਵਰਪ੍ਰੈਸ਼ਨ ਐਗਕੋਡਾ [17], ਆਇਨ ਟ੍ਰਾਂਸਪੋਰਟਰ SeNHX1 [18], ਪ੍ਰੋਟੀਨ kinase AtNDPK2 [19], ਜਾਂ TFs GmDREB1 [20] ਅਤੇ GsWRKY20 [21] ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਐਲਫਾਲਫਾ ਵਿੱਚ ਖਾਰੇਪਣ ਦੇ ਤਣਾਅ ਪ੍ਰਤੀ ਵਧੀ ਹੋਈ ਸਹਿਣਸ਼ੀਲਤਾ ਹੁੰਦੀ ਹੈ। ਜੈਨੇਟਿਕ-ਆਧਾਰਿਤ ਪਹੁੰਚਾਂ ਦੀਆਂ ਮੁਕਾਬਲਤਨ ਘੱਟ-ਥਰੂਪੁਟ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਦੇ ਮੱਦੇਨਜ਼ਰ, ਪ੍ਰਤੀਕੂਲ ਖਾਰੇਪਣ ਉਤੇਜਨਾ ਲਈ ਐਲਫਾਲਫਾ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਆਵਾਂ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਵੱਡੇ ਪੈਮਾਨੇ ਦੇ ਸੰਭਾਵੀ ਜੀਨਾਂ ਦਾ ਅਗਲੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੇ ਕ੍ਰਮ (NGS) ਤਕਨਾਲੋਜੀਆਂ ਦੁਆਰਾ ਅਧਿਐਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਪੋਸਟਨਿਕੋਵਾ ਐਟ ਅਲ. (2013) ਨੇ ਦੋ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਖਾਰੇਪਣ-ਸਹਿਣਸ਼ੀਲ ਜਰਮਪਲਾਸਮਾਂ ਵਿੱਚ 7 ​​ਦਿਨਾਂ ਲਈ NaCl ਤਣਾਅ ਦੇ ਅਧੀਨ ਐਲਫਾਲਫਾ ਦੀਆਂ ਪੂਰੀਆਂ ਜੜ੍ਹਾਂ ਦੀ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨਲ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਕੀਤੀ, ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਨਤੀਜਿਆਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਕਿ ਖਾਰੇਪਣ-ਜਵਾਬਦੇਹ ਜੀਨ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਝਿੱਲੀ ਅਤੇ ਕਈ ਖਾਰੇਪਣ-ਜਵਾਬਦੇਹ TF ਪਰਿਵਾਰਾਂ ਦੇ ਸਥਿਰਤਾ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ]। ਲੇਈ ਐਟ ਅਲ. (2018) ਨੇ ਦੋ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਖਾਰੇਪਣ-ਸਹਿਣਸ਼ੀਲ ਐਲਫਾਲਫਾ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ 7 ਦਿਨਾਂ ਲਈ NaCl ਤਣਾਅ ਦੇ ਅਧੀਨ ਪੱਤਾ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਦਾ ਮੁਕਾਬਲਤਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ, ਜਿਸ ਤੋਂ ਪਤਾ ਲੱਗਿਆ ਹੈ ਕਿ ਖਾਰੇਪਣ ਦੇ ਤਣਾਅ [23] ਦੇ ਅਨੁਕੂਲਤਾ ਲਈ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਸਰੀਰਕ ਸਥਿਤੀ ਨੂੰ ਬਣਾਈ ਰੱਖਣ ਲਈ ਐਲਫਾਲਫਾ ਵਿੱਚ ਪੌਦਿਆਂ ਦੇ ਹਾਰਮੋਨ ਪਰਸਪਰ ਪ੍ਰਭਾਵ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਰੈਗੂਲੇਟਰ ਹਨ। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, 0, 1, ਅਤੇ 7 ਦਿਨਾਂ ਲਈ ਖਾਰੇ-ਖਾਰੀ ਘੋਲ ਨਾਲ ਇਲਾਜ ਕੀਤੇ ਗਏ ਪੂਰੇ ਐਲਫਾਲਫਾ ਦੇ ਪੌਦਿਆਂ ਦੇ ਇੱਕ ਡੀ ਨੋਵੋ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨਲ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਸੰਕੇਤ ਦਿੱਤਾ ਕਿ ਐਂਟੀਆਕਸੀਡੈਂਟ ਸਮਰੱਥਾ ਐਲਫਾਲਫਾ ਦੇ ਖਾਰੇ-ਖਾਰੀ ਤਣਾਅ ਸਹਿਣਸ਼ੀਲਤਾ [24] ਦੇ ਅਧੀਨ ਕੇਂਦਰੀ ਵਿਧੀਆਂ ਵਿੱਚੋਂ ਇੱਕ ਸੀ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਇਹ ਅਧਿਐਨ ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਜੀਨੋਟਾਈਪ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਖਾਰੇਪਣ ਸਹਿਣਸ਼ੀਲਤਾ ਵਿਧੀਆਂ ਜਾਂ ਵਧੇਰੇ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਖਾਰੇ-ਖਾਰੀ ਸਹਿਣਸ਼ੀਲਤਾ ਵਿਧੀਆਂ 'ਤੇ ਕੇਂਦ੍ਰਿਤ ਹਨ, ਜਦੋਂ ਐਲਫਾਲਫਾ ਖਾਰੇਪਣ ਦੇ ਅਧੀਨ ਹੁੰਦਾ ਹੈ ਤਾਂ ਓਸਮੋਟਿਕ ਬਨਾਮ ਆਇਓਨਿਕ ਤਣਾਅ ਦੇ ਕਾਰਨ ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਨੁਕਸਾਨ 'ਤੇ ਯੋਜਨਾਬੱਧ ਸਹਿਮਤੀ ਦੀ ਅਜੇ ਵੀ ਘਾਟ ਹੈ। ਅਤੇ ਨਾਲ ਹੀ, ਇਹਨਾਂ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨਲ-ਆਧਾਰਿਤ NGS ਵਿਧੀਆਂ ਦੇ ਨਾਲ ਵੀ, ਨੁਕਸਾਨ ਸਪੱਸ਼ਟ ਸੀ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਕ੍ਰਮ-ਬੱਧ ਰੀਡਜ਼ ਦੀ ਛੋਟੀ ਲੰਬਾਈ, ਜੋ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਪੈਮਾਨੇ 'ਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦਾ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਲਗਾਉਣ ਦੀ ਸਮਰੱਥਾ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਰੁਕਾਵਟ ਪਾਉਂਦੀ ਹੈ।

ਖੁਸ਼ਕਿਸਮਤੀ ਨਾਲ, PacBio RSII ਤੀਜੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੀ ਸੀਕੁਐਂਸਿੰਗ ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਇਹਨਾਂ ਸੀਮਾਵਾਂ ਨੂੰ ਪਾਰ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ। ਪਰੰਪਰਾਗਤ NGS ਤਕਨੀਕਾਂ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਵਿੱਚ, ਇਹ ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਸਿੰਗਲ ਮੋਲੀਕਿਊਲ ਰੀਅਲ-ਟਾਈਮ (SMRT) isoform ਕ੍ਰਮ (Iso-Seq) ਨੂੰ ਲੰਮੀ ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਲੰਬਾਈ, ਇਕਸਾਰ ਕਵਰੇਜ, ਅਤੇ ਉੱਚ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਨਾਲ ਪੂਰਾ ਕਰਦੀ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ PacBio RSII ਨੂੰ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਦੀ ਪੂਰੀ ਕੈਟਾਲਾਗ ਨੂੰ ਹਾਸਲ ਕਰਨ ਲਈ ਬਹੁਤ ਪ੍ਰਭਾਵਸ਼ਾਲੀ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ [25] ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਲਈ ਇੱਕ ਵਿਆਪਕ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਦਾ ਨਿਰਮਾਣ। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, BGISEQ-500 ਪਲੇਟਫਾਰਮ 'ਤੇ ਆਧਾਰਿਤ RNA-Seq ਨੂੰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਸਪੀਸੀਜ਼, ਵਿਕਾਸ ਦੇ ਪੜਾਵਾਂ, ਅਤੇ ਤਣਾਅ [26, 27] ਦੇ ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਦੀ ਤੁਲਨਾ 'ਤੇ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਵਰਤਮਾਨ ਵਿੱਚ, ਸਾਡੇ ਗਿਆਨ ਲਈ, ਐਲਫਾਲਫਾ ਰੂਟ ਟਿਪਸ ਵਿੱਚ ਖਾਰੇ-ਜਵਾਬਦੇਹ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੌਮਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਰਿਪੋਰਟ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ, ਜਿੱਥੇ ਹਾਈਪਰੋਸਮੋਟਿਕ ਦਬਾਅ ਅਤੇ ਆਇਨ ਜ਼ਹਿਰੀਲੇਪਣ ਦੀ ਧਾਰਨਾ ਲਈ ਪ੍ਰਾਇਮਰੀ ਸਾਈਟ ਹੈ [28, 29]। ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ, ਅਸੀਂ ਪਹਿਲੀ ਵਾਰ Iso-Seq ਪ੍ਰੋਟੋਕੋਲ ਨੂੰ ਲਗਾਤਾਰ NaCl (ਇੱਕ ਆਈਸੋ-ਓਸਮੋਟਿਕ ਤਣਾਅ) ਅਤੇ ਮੈਨਨੀਟੋਲ (ਇੱਕ ਗੈਰ-ਆਓਨਿਕ ਅਸਮੋਟਿਕ ਤਣਾਅ) ਇਲਾਜਾਂ ਦੌਰਾਨ ਐਲਫਾਲਫਾ ਰੂਟ ਟਿਪਸ ਲਈ ਇੱਕ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦਾ ਹਵਾਲਾ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਬਣਾਉਣ ਲਈ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਫਿਰ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਕੀਤਾ। BGISEQ-500 RNA-Seq ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨਲ ਸਕੇਲ 'ਤੇ ਸਮਾਨ ਤਣਾਅ ਵਾਲੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਲਈ ਇੱਕ ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਦੀ ਤੁਲਨਾ। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ROS ਸੰਚਵ ਅਤੇ ਸੈੱਲ ਦੇ ਨੁਕਸਾਨ 'ਤੇ NaCl ਅਤੇ mannitol ਇਲਾਜਾਂ ਦੇ ਸਰੀਰਕ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਅੰਡਰਲਾਈੰਗ ਐਂਟੀਆਕਸੀਡੈਂਟ ਅਤੇ osmoprotectant ਜਵਾਬਾਂ ਨੂੰ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ। ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਐਲਫਾਲਫਾ ਵਿੱਚ ਖਾਰੇਪਣ ਸਹਿਣਸ਼ੀਲਤਾ ਵਿੱਚ ਦੋ ਅਸਮੋਟਿਕ ਅਤੇ ਆਇਓਨਿਕ ਹਿੱਸਿਆਂ ਦੇ ਯੋਗਦਾਨ ਨੂੰ ਸਮਝਣ ਵਿੱਚ ਸਾਡੀ ਮਦਦ ਕਰਨਗੇ।


ਜਾਣ-ਪਛਾਣ

ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮਜ਼ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਜੋ ਕਿ ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਗਤੀਵਿਧੀ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਜੀਨੋਟਾਈਪ ਅਤੇ ਫੀਨੋਟਾਈਪ ਵਿਚਕਾਰ ਸਬੰਧ ਨੂੰ ਸਮਝਣ ਲਈ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੈ। ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮ ਦੀ ਗਤੀਸ਼ੀਲਤਾ ਅਤੇ ਗੁੰਝਲਤਾ ਪੌਦਿਆਂ ਦੇ ਵਿਕਾਸ, ਵਿਕਾਸ, ਅਤੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਬਾਹਰੀ ਬਾਇਓਟਿਕ ਅਤੇ ਅਬਾਇਓਟਿਕ ਸੰਕੇਤਾਂ ਦੇ ਜਵਾਬਾਂ ਦੇ ਸਾਰੇ ਪਹਿਲੂਆਂ ਨੂੰ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਕਰਦੀ ਹੈ। ਵੱਖ-ਵੱਖ ਢੰਗ ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਪ੍ਰਗਟ ਕ੍ਰਮ ਟੈਗ (EST) ਕ੍ਰਮ (Wu et al., 2002), ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ (SAGE) (Matsumura et al., 1999), DNA ਮਾਈਕ੍ਰੋਏਰੇ (Hihara et al., 2001), ਅਤੇ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ ਸੀਰੀਅਲ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਆਰਐਨਏ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ (ਆਰਐਨਏ-ਸੇਕ) ਨੂੰ ਅਗਲੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੀ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ (ਐਨਜੀਐਸ) ਤਕਨੀਕਾਂ (ਮੋਰਟਾਜ਼ਾਵੀ ਐਟ ਅਲ., 2008) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮਜ਼ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਲਈ ਵਿਕਸਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। 2005 ਤੋਂ, ਦੂਜੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੇ ਛੋਟੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ ਨੇ ਘੱਟ ਲਾਗਤਾਂ ਅਤੇ ਵਧੇਰੇ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਡੂੰਘਾਈ (ਸੇਡਲਜ਼ੈਕ ਐਟ ਅਲ., 2018) ਦੇ ਕਾਰਨ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁਟ ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ ਲਈ ਪਹਿਲੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੀ ਸੈਂਗਰ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਨੂੰ ਤੇਜ਼ੀ ਨਾਲ ਬਦਲ ਦਿੱਤਾ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਦੂਜੀ-ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੇ ਛੋਟੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਕ੍ਰਮ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਸੀਮਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਨੇ ਸਹਿ/ਪੋਸਟ-ਟਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨਲ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੇ ਕਈ ਪਹਿਲੂਆਂ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨਾ ਔਖਾ ਬਣਾ ਦਿੱਤਾ ਹੈ। ਇਸ ਸੀਮਾ ਨੂੰ ਦੂਰ ਕਰਨ ਲਈ, ਪਿਛਲੇ ਕੁਝ ਸਾਲਾਂ ਵਿੱਚ, ਖੋਜਕਰਤਾ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਦੋ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ, ਪੈਸੀਫਿਕ ਬਾਇਓਸਾਇੰਸਜ਼ (ਪੈਕਬੀਓ) (ਰੋਡਸ ਅਤੇ ਏਯੂ, 2015) ਅਤੇ ਆਕਸਫੋਰਡ ਨੈਨੋਪੋਰ ਟੈਕਨੋਲੋਜੀਜ਼ (ਓਐਨਟੀ) (ਬਾਏਗਾ ਐਟ ਅਲ., 2018) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦੀਆਂ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕਰ ਰਹੇ ਹਨ। , ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਵਾਰ “third” ਅਤੇ 𠇏oorth” ਪੀੜ੍ਹੀ ਕ੍ਰਮ ਤਕਨਾਲੋਜੀਆਂ ਵਜੋਂ ਜਾਣਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ (Slatko et al., 2018)। ਇਹਨਾਂ ਦੋ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ ਨੇ ਹੋਰ NGS ਵਿਧੀਆਂ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਨੂੰ ਕਾਫ਼ੀ ਵਧਾ ਦਿੱਤਾ ਹੈ ਅਤੇ ਇਸ ਲਈ, ਖੋਜ ਪ੍ਰਸ਼ਨਾਂ ਦੀ ਇੱਕ ਵੱਡੀ ਕਿਸਮ ਨੂੰ ਹੱਲ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। PacBio ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਸਿੰਗਲ-ਮੌਲੀਕਿਊਲ ਰੀਅਲ-ਟਾਈਮ (SMRT) isoform ਕ੍ਰਮ (Iso-Seq) ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਦੀ ਪੂਰੀ ਲੰਬਾਈ ਨੂੰ ਕੈਪਚਰ ਕਰਦਾ ਹੈ (ਗੋਂਜ਼ਾਲੇਜ਼-ਗੈਰੇ, 2016) ਅਤੇ ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ ਲਈ ਆਸਾਨ ਅਤੇ ਵਧੇਰੇ ਸਹੀ ਤਰੀਕੇ ਪੇਸ਼ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਜੀਨ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ (ਝਾਓ। et al., 2018), isoform ਪਛਾਣ (Abdel-Ghany et al., 2016 Wang T. et al., 2017), ਫਿਊਜ਼ਨ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ (Weirather et al., 2015), ਅਤੇ ਲੰਬੇ ਗੈਰ-ਕੋਡਿੰਗ RNA (lncRNA) ਖੋਜ (ਲੀ ਐਟ ਅਲ., 2016)। ਇੱਥੇ, ਅਸੀਂ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਅਧਿਐਨਾਂ ਵਿੱਚ PacBio ਅਤੇ ONT ਦੀਆਂ ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ ਅਤੇ ਵਿਆਪਕ ਉਪਯੋਗਤਾ ਬਾਰੇ ਚਰਚਾ ਕਰਦੇ ਹਾਂ। ਨੈਨੋਪੋਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ ਵਿਕਸਤ ਸਿੱਧਾ RNA-Seq ਐਂਪਲੀਫਿਕੇਸ਼ਨ ਪੱਖਪਾਤ ਤੋਂ ਬਚ ਸਕਦਾ ਹੈ (Garalde et al., 2018). ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਇਸ ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਵਿੱਚ RNA ਸੋਧਾਂ ਜਿਵੇਂ ਕਿ N 6 -methyladenosine, 5-methylcytidine, ਅਤੇ 5-hydroxylmethylcytidine (Li X. et al., 2017) ਦਾ ਪੂਰਾ ਦ੍ਰਿਸ਼ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਨ ਦੀ ਸਮਰੱਥਾ ਹੈ, ਜਿਸਨੂੰ ਸਮੂਹਿਕ ਤੌਰ 'ਤੇ &# ਕਿਹਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। x201Cepitranscriptome.”

PacBio ਅਤੇ ONT ਲੰਬੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਗਏ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣਾਂ ਲਈ ਕੋਰ ਐਲਗੋਰਿਦਮ ਦੇ ਹਿੱਸੇ ਦੂਜੀ-ਪੀੜ੍ਹੀ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਪਹੁੰਚ ਵਿੱਚ ਵਰਤੀਆਂ ਜਾਂਦੀਆਂ ਛੋਟੀਆਂ-ਪੜ੍ਹੀਆਂ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਰਣਨੀਤੀਆਂ ਦੇ ਸਮਾਨ ਹਨ। ਫਿਰ ਵੀ, ਕਈ ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ ਲਈ ਖਾਸ ਨਵੇਂ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਟੂਲ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ, ਜੋ ਦੂਜੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੀ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਪਾਈਪਲਾਈਨਾਂ ਦਾ ਹਿੱਸਾ ਨਹੀਂ ਹਨ। ਇਹ ਸਾਧਨ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਟੀਚਿਆਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਨਵੇਂ ਮੁੱਦਿਆਂ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਉੱਚ ਗਲਤੀ ਦਰਾਂ ਅਤੇ ਘੱਟ ਥ੍ਰਰੂਪੁਟ ਨੂੰ ਹੱਲ ਕਰਨ ਲਈ ਵਧੇਰੇ ਲਚਕਤਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਨ ਲਈ ਲੋੜੀਂਦੇ ਹਨ। ਅਸੀਂ PacBio ਅਤੇ ONT ਰੀਡ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਵਰਤਮਾਨ ਵਿੱਚ ਉਪਲਬਧ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਧੀਆਂ ਪੇਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਰੀਡ-ਆਫ-ਇੰਟਰੈਸਟ (ROI) ਕੱਢਣ, ਗਲਤੀ ਸੁਧਾਰ (Au et al., 2012), ਮੈਪਿੰਗ (Wu ਅਤੇ Watanabe, 2005), isoform clustering (Fu et al. ., 2012), ਅਤੇ ਮਲਟੀਪਲ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੀ ਪਛਾਣ (ਅਬਦੇਲ-ਗਨੀ ਐਟ ਅਲ., 2016)। ਇਹਨਾਂ ਨਵੇਂ ਤਰੀਕਿਆਂ ਅਤੇ ਕੰਪਿਊਟੇਸ਼ਨਲ ਪਾਈਪਲਾਈਨਾਂ ਵਿੱਚ ਸੁਧਾਰ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਅਤੇ ਐਪੀਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਜਟਿਲਤਾ ਦੇ ਲੈਂਡਸਕੇਪ ਦਾ ਵਿਸਤਾਰ ਕਰੇਗਾ ਉੱਚ ਥ੍ਰਰੂਪੁਟ ਅਤੇ ਉੱਚ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਦੇ ਨਾਲ। ਇੱਥੇ, ਅਸੀਂ PacBio Iso-Seq ਅਤੇ ONT ਡਾਇਰੈਕਟ RNA-Seq ਵਿਧੀਆਂ ਦੀ ਚਰਚਾ ਕੀਤੀ, ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕਸ ਟੂਲਸ ਦੀ ਮੌਜੂਦਾ ਸਥਿਤੀ ਜੋ ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਤੋਂ ਪੜ੍ਹੇ ਗਏ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਵਰਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਇਹਨਾਂ ਤਰੀਕਿਆਂ ਦੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਉਪਯੋਗਾਂ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕਰਦੇ ਹਨ।


ਚਰਚਾ

ਇੱਥੇ ਅਸੀਂ ਸ਼ੁਕਰਾਣੂਆਂ ਵਿੱਚ ਏਪੀਏ ਦੁਆਰਾ 3'UTR ਨੂੰ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਛੋਟਾ ਕਰਨਾ ਦਿਖਾਉਂਦੇ ਹਾਂ, 3'UTR ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂਆਂ ਵਿੱਚ ਸਭ ਤੋਂ ਛੋਟੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਹਾਲਾਂਕਿ ਇਹ ਵਿਧੀ ਆਮ ਜਾਪਦੀ ਹੈ, ਕੁਝ ਜੀਨ ਦੂਜਿਆਂ ਨਾਲੋਂ ਜ਼ਿਆਦਾ ਹੱਦ ਤੱਕ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਟੈਸਟਿਸ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਜੀਨ ਸਰਵ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਜੀਨਾਂ ਨਾਲੋਂ ਵਧੇਰੇ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ 3'UTR ਸ਼ਾਰਟਨਿੰਗ ਨੂੰ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਸ਼ੁਕਰਾਣੂ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਲਈ ਇਸ ਵਿਧੀ ਦੇ ਮਹੱਤਵ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕਰਦੇ ਹਨ। ਦਿਲਚਸਪ ਗੱਲ ਇਹ ਹੈ ਕਿ, ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਸਰਵਵਿਆਪਕਤਾ 3'UTR ਸ਼ਾਰਟਨਿੰਗ ਦੇ ਨਾਲ ਜੀਨਾਂ ਨਾਲ ਜੁੜਿਆ ਸਭ ਤੋਂ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਮਾਰਗ ਹੈ। ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂਆਂ ਦੇ ਬਾਅਦ ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਲਈ ਸਰਵ ਵਿਆਪਕਤਾ ਦੇ ਮਹੱਤਵ ਦੇ ਕਾਰਨ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਨਿਊਕਲੀਓਸੋਮ ਨੂੰ ਹਟਾਉਣਾ ਅਤੇ ਸੈੱਲ ਬਣਤਰ ਨੂੰ ਦੁਬਾਰਾ ਬਣਾਉਣਾ, ਅਸੀਂ ਮੰਨਦੇ ਹਾਂ ਕਿ 3'UTR ਛੋਟਾ ਕਰਨਾ ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਲਈ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਣ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਧਾਰਨਾ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕਰਨ ਲਈ ਹੋਰ ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਅਧਿਐਨਾਂ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ।

ਇੱਕ ਨਿਯੰਤਰਣ ਸਮੂਹ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਏਪੀਏ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਅਸੀਂ ਇਹ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦੇ ਹਾਂ ਕਿ 3'UTR ਤੱਤ ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂ ਦੇ ਦੌਰਾਨ mRNA ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਂਦੇ ਹਨ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ U-rich, UA-ਅਮੀਰ ਅਤੇ UG-ਅਮੀਰ ਤੱਤ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਸੰਭਵ ਤੌਰ 'ਤੇ mRNA ਸਥਿਰਤਾ ਦੇ ਨਿਯਮ ਦੁਆਰਾ। ਇਹ ਸ਼ੁਕਰਾਣੂਆਂ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ mRNAs ਦੇ ਖਾਤਮੇ ਲਈ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਥੋੜ੍ਹਾ mRNA [61] ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਇਹਨਾਂ ਸੀਆਈਐਸ ਤੱਤਾਂ ਦੁਆਰਾ ਵਿਚੋਲਗੀ ਕੀਤੇ mRNA ਡਿਗਰੇਡੇਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨੂੰ ਸਪਸ਼ਟ ਕਰਨ ਲਈ ਭਵਿੱਖ ਦੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ। ਇੱਕ ਹੋਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸਵਾਲ ਜਿਸ ਨੂੰ ਸੰਬੋਧਿਤ ਕੀਤਾ ਜਾਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ ਉਹ ਹੈ ਕਿ ਏਪੀਏ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ ਨੂੰ ਪਤਨ ਤੋਂ ਬਚਣ ਵਿੱਚ ਮਦਦ ਕਰਨ ਲਈ ਕਿੰਨੀ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਂਦੀ ਹੈ। sUTR ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ, ਲੰਬੇ 3'UTR ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੁਆਰਾ ਸਮੀਕਰਨ ਵਿੱਚ ਕਮੀ ਆਈ ਹੈ

2 ਹਫ਼ਤਿਆਂ ਤੋਂ 4 ਹਫ਼ਤਿਆਂ ਤੱਕ 1.7-ਗੁਣਾ ਅਤੇ ਉਸੇ ਸਮੇਂ ਵਿੱਚ ਛੋਟੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਲਗਭਗ 2.1-ਗੁਣਾ ਵਧੇ (ਵਧੀਕ ਫਾਈਲ 1: ਚਿੱਤਰ S7)। ਇਹ ਮੰਨਦੇ ਹੋਏ ਕਿ ਲੰਬੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮਾਂ ਵਿੱਚ ਐਸਯੂਟੀਆਰ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਦੇ ਸਮਾਨ ਸੜਨ ਦੀਆਂ ਦਰਾਂ ਹਨ, ਉਹਨਾਂ ਦੀ ਸਮੀਕਰਨ ਵਿੱਚ ਕਮੀ APA ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਦੇ ਕਾਰਨ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ। ਇਸ ਲਈ, ਜਦੋਂ ਕਿ ਪ੍ਰਸ਼ਨ ਨੂੰ ਸਹੀ ਢੰਗ ਨਾਲ ਹੱਲ ਕਰਨ ਲਈ ਭਵਿੱਖ ਦੇ ਪ੍ਰਯੋਗਾਂ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ, ਸਾਡਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ APA ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਦੁਆਰਾ mRNA ਸਥਿਰਤਾ 'ਤੇ ਮਹੱਤਵਪੂਰਣ ਪ੍ਰਭਾਵ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਇਸੇ ਨਾੜੀ ਵਿੱਚ, ਸਾਡੇ ਸੀਆਈਐਸ ਤੱਤ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਸਪੱਸ਼ਟ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਵਿਆਖਿਆ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ ਕਿ ਕਿਉਂ ਕੁਝ ਜੀਨ 3'UTR ਲੰਬਾਈ ਨੂੰ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ ਜਦੋਂ ਕਿ ਗਲੋਬਲ ਰੁਝਾਨ ਛੋਟਾ ਹੁੰਦਾ ਹੈ: ਉਹਨਾਂ ਜੀਨਾਂ ਲਈ ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਸੀਯੂਟੀਆਰ ਅਸਥਿਰ ਤੱਤਾਂ ਨਾਲ ਭਰਪੂਰ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਛੋਟੇ 3'UTR ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਲੰਬੇ ਨਾਲੋਂ ਘੱਟ ਸਥਿਰ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਆਈਸੋਫਾਰਮ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਸੰਭਾਵਤ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸੀਯੂਟੀਆਰ ਦੇ ਅਸਥਿਰ ਪ੍ਰਭਾਵ ਨੂੰ ਨਕਾਰਨ ਲਈ ਏਯੂਟੀਆਰ ਵਿੱਚ ਵਾਧੂ ਸਥਿਰ ਤੱਤ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਜਿਸ ਨਾਲ 3'ਯੂਟੀਆਰ ਲੰਬਾਈ ਦੀ ਸਮੁੱਚੀ ਡਿਸਪਲੇ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।

3'UTR ਦੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਹਿੱਸਿਆਂ 'ਤੇ TEs ਵਾਲੇ APA isoforms ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਕੇ, ਅਸੀਂ Gou et al ਦੁਆਰਾ ਹਾਲ ਹੀ ਦੇ ਖੋਜ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ। [45] ਕਿ 3'UTR TEs ਨੂੰ ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਗਿਰਾਵਟ ਲਈ ਨਿਸ਼ਾਨਾ ਬਣਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ। Miwi−/− ਚੂਹੇ [44] ਤੋਂ ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਡੇਟਾ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਅਸੀਂ ਅੱਗੇ ਪਾਇਆ ਕਿ ਪਤਨ piRNA-Miwi ਮਾਰਗ ਦੁਆਰਾ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ, 3'UTR ਛੋਟਾ ਕਰਨ ਨਾਲ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ TE/piRNA/Miwi-ਅਧਾਰਿਤ mRNA ਨੂੰ ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂ ਦੇ ਦੌਰਾਨ ਖ਼ਤਮ ਕਰਨ ਤੋਂ ਬਚਣ ਵਿੱਚ ਮਦਦ ਮਿਲ ਸਕਦੀ ਹੈ। ਪਿਛਲੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ ਕਿ 3'UTRs ਵਿੱਚ TEs mRNA metabolism [62-64] ਲਈ ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਭੂਮਿਕਾਵਾਂ ਨਿਭਾ ਸਕਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਕੁਝ TEs ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਜੀਨ [65] ਨੂੰ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ pAs ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂਆਂ ਵਿੱਚ ਏਪੀਏ ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ ਮੇਜ਼ਬਾਨ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਨੂੰ ਰੋਕੇ ਬਿਨਾਂ 3'UTRs ਵਿੱਚ TEs ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਸ਼ਾਲੀ ਢੰਗ ਨਾਲ ਇਜਾਜ਼ਤ ਦੇ ਸਕਦਾ ਹੈ, TEs ਨੂੰ 3'UTRs ਵਿੱਚ ਐਕਸਪੇਟ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਉਂਦਾ ਹੈ। 3'UTR ਵਿਕਾਸ ਲਈ ਇਹ ਵਿਧੀ ਕਿੰਨੀ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੈ ਇਹ ਸਪੱਸ਼ਟ ਕਰਨ ਲਈ ਹੋਰ ਅਧਿਐਨਾਂ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ। ਇਸ ਗੱਲ ਦੀ ਵੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਜਾਣੀ ਹੈ ਕਿ ਕੀ ਕੁਝ TE- ਵਾਲੇ aUTR ਕ੍ਰਮ piRNAs ਨੂੰ ਜਨਮ ਦੇ ਸਕਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਬਦਲੇ ਵਿੱਚ ਹੋਸਟ ਜੀਨ ਨੂੰ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ।

ਅਸੀਂ ਪਾਇਆ ਕਿ 3’UTR ਸ਼ਾਰਟਨਿੰਗ ਨੂੰ ਜੀਨ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਅਤੇ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਦੀ ਖੁੱਲੀ ਸਥਿਤੀ ਦੇ ਨਾਲ ਜੋੜਿਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਕ੍ਰਮਵਾਰ RNAPII ਅਤੇ H3K4me3 ਪੱਧਰਾਂ ਦੁਆਰਾ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਓਪਨ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਨੂੰ ਟੈਸਟਿਸ [30] ਵਿੱਚ ਵਿਆਪਕ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣਨ ਦਾ ਸੁਝਾਅ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਹੈ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਦੀ ਉੱਚ ਗੁੰਝਲਤਾ ਹੁੰਦੀ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ ਇਹ ਨਤੀਜਾ ਏਪੀਏ ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ [53] ਵਿੱਚ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨਲ ਗਤੀਵਿਧੀ ਦੀ ਭੂਮਿਕਾ ਨੂੰ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਨ ਵਾਲੀ ਸਾਡੀ ਪਿਛਲੀ ਖੋਜ ਦੇ ਨਾਲ ਇਕਸਾਰ ਹੈ, ਕਪਲਿੰਗ ਦੇ ਪਿੱਛੇ ਦੀ ਵਿਧੀ ਅਸਪਸ਼ਟ ਹੈ। ਇੱਕ ਸੰਭਾਵਨਾ ਇਹ ਹੈ ਕਿ ਅਨੁਮਤੀ ਵਾਲਾ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਬਣਤਰ ਇਸ ਨੂੰ ਕਲੀਵੇਜ/ਪੋਲੀਡੇਨਾਈਲੇਸ਼ਨ ਮਸ਼ੀਨਰੀ ਨੂੰ ਇਕੱਠਾ ਕਰਨ ਲਈ ਵਧੇਰੇ ਕੁਸ਼ਲ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਨਜ਼ਦੀਕੀ ਪੀਏਏ ਦੀ ਵਧੇਰੇ ਵਰਤੋਂ ਹੁੰਦੀ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ, C/P ਮਸ਼ੀਨਰੀ ਦੀ ਭਰਤੀ ਦੀ ਸਹੂਲਤ ਲਈ ਖਾਸ ਕਾਰਕਾਂ ਨੂੰ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਹੋਰ ਵਿਧੀਆਂ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਕਾਰਕਾਂ [66] ਦੁਆਰਾ ਵਿਚੋਲਗੀ, ਨੂੰ ਰੱਦ ਨਹੀਂ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ।

ਅੰਦਰੂਨੀ ਅਤੇ ਅੰਦਰੂਨੀ ਐਕਸੌਨ ਵਿੱਚ ਏਪੀਏ ਇਵੈਂਟਸ ਦਾ ਵਿਆਪਕ ਨਿਯਮ ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਦੇ ਦੌਰਾਨ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਗਤੀਵਿਧੀ ਦੇ ਸੰਚਾਲਨ ਦਾ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਪਿਛਲੀਆਂ ਰਿਪੋਰਟਾਂ [31, 34-37] ਦੇ ਨਾਲ ਇਕਸਾਰ ਹੈ। ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ, 3 ਅਤੇ 4 ਹਫਤਿਆਂ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ CDS-APA ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ U1 snRNP ਰੋਕ [26, 27] ਦੁਆਰਾ ਏਪੀਏ ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ ਦੀ ਯਾਦ ਦਿਵਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਜਿੱਥੇ pAs ਦੀ ਸਰਗਰਮੀ ਵੱਡੇ ਪੱਧਰ 'ਤੇ 5' ਇੰਟ੍ਰੋਨਸ ਲਈ ਪੱਖਪਾਤੀ ਹੈ। ਕੀ ਕੁਝ ਖਾਸ ਜੀਨਾਂ ਲਈ U1 snRNP ਦੀ ਸਥਾਨਕ ਘਾਟ ਹੈ ਜੋ ਅੰਦਰੂਨੀ pAs ਨੂੰ ਸਰਗਰਮ ਕਰਨ ਵੱਲ ਲੈ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਭਵਿੱਖ ਵਿੱਚ ਜਾਂਚ ਕੀਤੇ ਜਾਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ। ਦਿਲਚਸਪ ਗੱਲ ਇਹ ਹੈ ਕਿ, ਦਬਾਏ ਗਏ CDS-APA ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਵਾਲੇ ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ (ਚਿੱਤਰ 7e) ਵਿੱਚ ਉੱਚੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਉੱਚੇ H3K4me3 ਪੱਧਰ (ਚਿੱਤਰ 7f) ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਇਹ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦੇ ਹਨ ਕਿ ਖੁੱਲ੍ਹੀ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਸਥਿਤੀ ਕੁਸ਼ਲ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ, ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਅੰਦਰੂਨੀ C/P ਨੂੰ ਰੋਕਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। .

ਸਾਨੂੰ spermatogenesis (Fig. 8) ਦੌਰਾਨ uaRNAs ਦੀ ਗਲੋਬਲ ਐਕਟੀਵੇਸ਼ਨ ਮਿਲੀ। ਇਹ ਗੈਰ-ਕੋਡਿੰਗ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਵੱਖੋ-ਵੱਖਰੇ ਪ੍ਰਮੋਟਰਾਂ ਦੁਆਰਾ ਤਿਆਰ ਕੀਤੀਆਂ ਜਾਂਦੀਆਂ ਹਨ ਅਤੇ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਐਕਸੋਸੋਮ [26, 29] ਦੀ ਨਿਗਰਾਨੀ ਅਧੀਨ ਹੁੰਦੀਆਂ ਹਨ। ਉਹਨਾਂ ਦੀ ਸਮੀਕਰਨ ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਦੇ ਦੌਰਾਨ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਨੂੰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਅਮੀਰ ਬਣਾ ਸਕਦੀ ਹੈ, ਸੰਭਾਵੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਨਵੇਂ ਜੀਨਾਂ [67] ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਨੂੰ ਪ੍ਰਭਾਵਤ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ। uaRNA ਸਮੀਕਰਨ TSS ਦੇ ਆਲੇ ਦੁਆਲੇ ਖੁੱਲੇ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਨਾਲ ਜੁੜਿਆ ਹੋਇਆ ਪ੍ਰਤੀਤ ਹੁੰਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਭਾਵਨਾ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਦੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਨਾਲ ਸੰਬੰਧਿਤ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ, ਇਹ ਸਪੱਸ਼ਟ ਨਹੀਂ ਹੈ ਕਿ ਪਰਮਾਣੂ ਐਕਸੋਸੋਮ ਦੁਆਰਾ ਉਹਨਾਂ ਨੂੰ ਕਿਉਂ ਨਹੀਂ ਖਤਮ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਕੀ ਐਕਸੋਸੋਮ ਦੇ ਕਾਰਜ ਨੂੰ ਸ਼ੁਕ੍ਰਾਣੂ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਦਬਾਇਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ ਜਾਂ uaRNA ਸਮੀਕਰਨ ਦੀ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸਰਗਰਮੀ ਦੁਆਰਾ ਹਾਵੀ ਹੋ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਭਵਿੱਖ ਵਿੱਚ ਸੰਬੋਧਿਤ ਕੀਤੇ ਜਾਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ।


ਸਿੱਟਾ

ਇਹ ਕੰਮ lncRNAs—vlincRNAs ਦੀ ਇੱਕ ਨਵੀਂ ਸ਼੍ਰੇਣੀ ਲਈ ਸਾਹਮਣੇ ਆਏ ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਨੈੱਟਵਰਕਾਂ ਦੇ ਪਹਿਲੇ ਵਿਆਪਕ ਅਧਿਐਨ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਨੈੱਟਵਰਕ ਸ਼ੁਰੂ ਵਿੱਚ ਐਸਐਮਐਸ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਸਹਿ-ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ ਅਤੇ ਫਿਰ ਦੋ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪਹੁੰਚਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਪ੍ਰਮਾਣਿਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਨ। ਇਸ ਅੰਤਰ-ਪ੍ਰਮਾਣਿਕਤਾ ਪਹੁੰਚ ਨੇ ਇਹਨਾਂ lncRNA ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਨੈਟਵਰਕਾਂ ਦੀ ਪ੍ਰਮਾਣਿਕਤਾ ਦੀ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਅਤੇ ਇਹਨਾਂ ਨੈਟਵਰਕਾਂ ਦੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੋਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਨਿਮਨਲਿਖਤ ਮੁੱਖ ਸਿੱਟਿਆਂ ਦੀ ਵੈਧਤਾ ਨੂੰ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਇਆ। ਪਹਿਲਾਂ, ਇੱਕ ਆਮ vlincRNA ਵਿੱਚ ਕਈ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਨੂੰ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਕਰਕੇ ਕੰਮ ਕਰਦਾ ਪ੍ਰਤੀਤ ਹੁੰਦਾ ਹੈ cis ਅਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸ. ਦੂਜਾ, ਇੱਕ vlincRNA ਵੱਖ-ਵੱਖ ਟੀਚੇ ਵਾਲੇ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ 'ਤੇ ਸਕਾਰਾਤਮਕ ਅਤੇ ਨਕਾਰਾਤਮਕ ਪ੍ਰਭਾਵ ਪਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਤੀਸਰਾ, vlincRNAs ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ RNA ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ, ਸੈੱਲ ਚੱਕਰ, ਵਿਕਾਸ, ਅਤੇ ਅਡਿਸ਼ਨ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਕੁਝ ਫੰਕਸ਼ਨਾਂ ਨੂੰ ਏਨਕੋਡਿੰਗ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਕਰਦੇ ਹਨ। ਚੌਥਾ, ਵਿਨਿਯਮ, vlincRNAs ਅਤੇ ਨਿਊਕਲੀਅਸ ਵਿੱਚ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਟਾਰਗੇਟ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਸਹਿ-ਸਥਾਨਕਕਰਨ 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ ਇੱਕ ਵਿਧੀ 'ਤੇ ਨਿਰਭਰ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਫਿਰ ਵੀ ਜ਼ਰੂਰੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸਿੱਧਾ ਪਰਸਪਰ ਪ੍ਰਭਾਵ ਨਹੀਂ ਹੁੰਦਾ। ਇਸ ਸਬੰਧ ਵਿੱਚ, ਦੋ ਹੋਰ ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਵਾਲੇ lncRNAs NEAT1 ਅਤੇ ਮਲਾਟ 1 ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ ਦਾ ਸਮਾਨ ਮੋਡ ਦਿਖਾਓ। ਇਸ ਲਈ ਇਹ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਲਗਾਉਣਾ ਪਰਤੱਖ ਹੈ ਕਿ ਕਈ ਜੀਨਾਂ ਦਾ ਨਿਯੰਤ੍ਰਣ ਅਤੇ ਨਿਊਕਲੀਅਸ ਵਿੱਚ ਨੇੜਤਾ ਦੁਆਰਾ ਅਜਿਹਾ ਕਰਨਾ lncRNA ਕਾਰਜਸ਼ੀਲਤਾ ਦਾ ਇੱਕ ਆਮ ਮੋਡ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਸਥਿਰ ਸੈੱਲ ਲਾਈਨਾਂ ਵਿੱਚ 2 vlincRNAs ਦੇ ਨਿਸ਼ਾਨੇ ਵਾਲੇ ਨੋਕਡਾਉਨ ਨੇ ਇਹਨਾਂ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ ਦੇ ਜੀਵ-ਵਿਗਿਆਨਕ ਮਹੱਤਵ ਅਤੇ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਨੈਟਵਰਕ ਨੂੰ ਜੀਨੋਟੌਕਸਿਕ ਤਣਾਅ ਦੇ ਜਵਾਬ ਵਿੱਚ ਘੱਟੋ-ਘੱਟ ਸੰਸਕ੍ਰਿਤ ਸੈੱਲਾਂ ਦੇ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਸਾਡੇ ਸਮੂਹ ਦੁਆਰਾ ਪਹਿਲਾਂ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤੇ ਨਤੀਜਿਆਂ ਦੇ ਸਮਾਨ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਉੱਚ- ਥ੍ਰੋਪੁੱਟ ਸਕਰੀਨ [22]. ਹਾਲਾਂਕਿ, ਜੈਵਿਕ ਪੱਧਰ 'ਤੇ vlincRNAs, ਅਤੇ lncRNAs ਦੀ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲਤਾ ਨੂੰ ਸੰਬੋਧਿਤ ਕਰਨ ਲਈ ਵਾਧੂ ਅਧਿਐਨਾਂ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ [12]।


ਸਿੱਟਾ

ਮਨੁੱਖੀ ਸੋਮੈਟਿਕ ਸਟੈਮ ਸੈੱਲ, ਸੋਮੈਟਿਕ ਟਿਊਮਰ ਸੈੱਲ, ਅਤੇ ਕੁਝ ਬਾਲਗ ਸੈੱਲ ਅਸਲ ਵਿੱਚ ਪਲੂਰੀਪੋਟੈਂਟ ਸੈੱਲਾਂ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ OCT4A mRNA ਨੂੰ ਬੇਸਲ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਫਿਰ ਵੀ, OCT4A ਦੇ ਕਾਰਜਾਤਮਕ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨੂੰ ਗੈਰ-ਪਲੂਰੀਪੋਟੈਂਟ ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਭਰੋਸੇਯੋਗ ਢੰਗ ਨਾਲ ਖੋਜਿਆ ਨਹੀਂ ਗਿਆ ਹੈ। ਇਹ ਸਪੱਸ਼ਟ ਨਹੀਂ ਹੈ ਕਿ ਕੀ OCT4A ਦੀ ਬੇਸਲ-ਪੱਧਰ ਦੀ ਸਮੀਕਰਨ ਅਜੇ ਵੀ ਗੈਰ-ਪਲੂਰੀਪੋਟੈਂਟ ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਹੋਰ ਜੀਵ-ਵਿਗਿਆਨਕ ਫੰਕਸ਼ਨਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ। ਹਾਲਾਂਕਿ, OCT4A ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੀ ਉੱਚ-ਪੱਧਰੀ ਸਮੀਕਰਨ ਅਜੇ ਵੀ pluripotent ਸੈੱਲਾਂ ਲਈ ਇੱਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਬਣੀ ਹੋਈ ਹੈ।

OCT4B ਮਨੁੱਖੀ ਸੋਮੈਟਿਕ ਸਟੈਮ ਸੈੱਲਾਂ, ਟਿਊਮਰ ਸੈੱਲਾਂ, ਬਾਲਗ ਟਿਸ਼ੂਆਂ, ਅਤੇ ਨਾਲ ਹੀ ਪਲੂਰੀਪੋਟੈਂਟ ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਹੇਠਲੇ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਸੰਭਵ ਹੈ ਕਿ OCT4B ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਉਤਪਾਦਾਂ ਦੁਆਰਾ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਵਿਭਿੰਨ ਕਾਰਜ ਕਰਦਾ ਹੈ। OCT4B ਦੇ ਤਣਾਅ ਪ੍ਰਤੀਕਿਰਿਆ [20] ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਣ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਭਵਿੱਖ ਵਿੱਚ OCT4B ਦੇ ਵਧੇਰੇ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਜੈਵਿਕ ਗੁਣਾਂ ਦੀ ਖੋਜ ਕੀਤੀ ਜਾਣੀ ਚਾਹੀਦੀ ਹੈ। ਇਹ ਨੋਟ ਕਰਨਾ ਦਿਲਚਸਪ ਹੈ ਕਿ OCT4B1 ਸਟੈਮਨੇਸ [11, 21] ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਹੋ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ OCT4B1 ਲਈ ਜਾਂਚ ਸਟੈਮ ਸੈੱਲ ਖੋਜ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਵੇਗੀ।

ਦੇ ਹਰੇਕ ਆਈਸੋਫਾਰਮ OCT4 ਵੱਖਰੇ ਕ੍ਰਮ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ OCT4A, OCT4B, ਅਤੇ OCT4B1 ਵਿੱਚ ਵੱਖ-ਵੱਖ RNA ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਤੱਤ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਸੰਭਵ ਤੌਰ 'ਤੇ, OCT4 isoforms ਆਪਣੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਲਈ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਪ੍ਰਮੋਟਰ ਅਤੇ ਵਧਾਉਣ ਵਾਲੇ ਤੱਤਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਇਸ ਲਈ, OCT4 isoforms ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਉਸੇ ਹਾਲਾਤ ਵਿੱਚ ਨਿਯੰਤ੍ਰਿਤ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ. ਹਾਲਾਂਕਿ, ਇਹ ਸੰਭਵ ਹੈ ਕਿ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੇ isoforms OCT4 ਉਹਨਾਂ ਦੁਆਰਾ ਸਾਂਝੇ ਕੀਤੇ ਗਏ ਸਾਂਝੇ ਕ੍ਰਮ ਦੇ ਕਾਰਨ ਜੈਵਿਕ ਕਾਰਜਾਂ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਦੂਜੇ ਨਾਲ ਨਜ਼ਦੀਕੀ ਸਬੰਧ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਇਹ ਨੋਟ ਕਰਨਾ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੈ ਕਿ OCT4 isoforms ਇੱਕੋ ਸਮੇਂ ਕੁਝ ਸੈੱਲਾਂ (ਉਦਾਹਰਨ ਲਈ, ਮਨੁੱਖੀ ES ਸੈੱਲਾਂ) ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਜਾਂਦੇ ਹਨ, ਇਸਲਈ ਇਹ ਸਮਝਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ ਕਿ OCT4 ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨਲ ਅਤੇ/ਜਾਂ ਪੋਸਟ-ਟਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨਲ ਪੱਧਰਾਂ 'ਤੇ ਪ੍ਰਤੀਯੋਗੀ ਜਾਂ ਸਹਿਯੋਗੀ ਪਰਸਪਰ ਕ੍ਰਿਆ ਦੁਆਰਾ ਇੱਕ ਦੂਜੇ ਨਾਲ ਇੰਟਰੈਕਟ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਸੰਭਾਵਨਾਵਾਂ ਅਤੇ ਵਿਧੀਆਂ ਅਣਪਛਾਤੀਆਂ ਰਹਿੰਦੀਆਂ ਹਨ।

ਇਸ ਸਮੀਖਿਆ ਵਿੱਚ ਸੰਖੇਪ ਨਤੀਜੇ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦੇ ਹਨ ਕਿ OCT4 isoforms, ਨਾ ਸਿਰਫ਼ OCT4A ਸਗੋਂ OCT4B ਅਤੇ OCT4B1 ਵੀ, ਮਨੁੱਖੀ ਸੈੱਲਾਂ ਦੀ ਇੱਕ ਕਿਸਮ (ਚਿੱਤਰ 5) ਵਿੱਚ OCT4 ਜੀਨ ਦੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਦੇ ਪੈਟਰਨਾਂ ਅਤੇ ਕਾਰਜਾਂ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਉਂਦੇ ਹਨ। ਹੋਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਜੀਨਾਂ ਵਾਂਗ (ਜਿਵੇਂ ਕਿ FGF-2, VEGF, C-myc), OCT4 ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਸੀਮਤ ਗਿਣਤੀ ਨੂੰ ਦੂਰ ਕਰਨ ਅਤੇ ਕਈ ਜੀਵ-ਵਿਗਿਆਨਕ ਫੰਕਸ਼ਨਾਂ ਨੂੰ ਕਰਨ ਲਈ ਵਿਕਲਪਕ ਅਨੁਵਾਦ ਦੀ ਸ਼ੁਰੂਆਤ ਦੁਆਰਾ ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਅਤੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦੁਆਰਾ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਰੂਪਾਂ ਨੂੰ ਤਿਆਰ ਕਰ ਸਕਦਾ ਹੈ। OCT4 ਨੂੰ ਬਿਹਤਰ ਢੰਗ ਨਾਲ ਸਮਝਣ ਲਈ, ਇਸਦੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨਾ ਅਤੇ ਵੱਖ ਕਰਨਾ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੈ OCT4 ਸਟੈਮ ਸੈੱਲ ਬਾਇਓਲੋਜੀ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਦੇ ਪੈਟਰਨਾਂ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਫੰਕਸ਼ਨ ਕਿਸਮਾਂ ਵਿੱਚ।

ਵੇਰੀਐਂਟ ਸੈੱਲਾਂ ਨਾਲ OCT4 isoforms ਦੇ ਸਬੰਧ ਦਾ ਯੋਜਨਾਬੱਧ ਦ੍ਰਿਸ਼ਟਾਂਤ। OCT4 ਦੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦਿਖਾਉਂਦੇ ਹਨ। ਸੰਖੇਪ ਰੂਪ: iPS, ਪ੍ਰੇਰਿਤ pluripotent ਸਟੈਮ (ਸੈੱਲਾਂ) ES, ਭਰੂਣ ਸਟੈਮ (ਸੈੱਲਾਂ) PG, ਮੁੱਢਲੇ ਕੀਟਾਣੂ (ਸੈੱਲਾਂ) GCTs, ਜਰਮ ਸੈੱਲ ਟਿਊਮਰ।


ਇੱਕ ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਸਿੰਗਲ-ਮੌਲੀਕਿਊਲ ਲੰਬੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਗਏ ਕ੍ਰਮਾਂ ਤੋਂ ਵਿਕਲਪਿਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਕੱਟੇ ਹੋਏ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਉਣਾ

ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ (ਏ.ਐਸ.) ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਅਤੇ ਪ੍ਰੋਟੀਓਮ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਦਾ ਇੱਕ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਸਰੋਤ ਹੈ, ਪਰ ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਵਿਆਖਿਆ ਕੀਤੇ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਵਿੱਚ AS ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਨਾ ਮੁਸ਼ਕਲ ਰਹਿੰਦਾ ਹੈ। ਮਨੁੱਖੀ ਅਤੇ ਮਾਊਸ ਦੋਵਾਂ 'ਤੇ ਖੋਜ ਨੇ AS ਅਤੇ ਜੀਨ ਫਿਊਜ਼ਨ ਦੇ ਅਧਿਐਨ ਸਮੇਤ ਆਈਸੋਫਾਰਮ-ਪੱਧਰ ਦੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ Iso-Seq™ ਡੇਟਾ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨ ਦੇ ਫਾਇਦਿਆਂ ਦਾ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਕੀਤਾ ਹੈ।

ਫਲੋਰੀਡਾ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ ਦੇ ਖੋਜਕਰਤਾਵਾਂ ਨੇ ਐਂਬੋਰੇਲਾ ਟ੍ਰਾਈਕੋਪੋਡਾ ਵਿੱਚ AS ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਨ ਲਈ Iso-Seq™ ਨੂੰ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ, ਇੱਕ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਜੋ ਹੋਰ ਸਾਰੇ ਜੀਵਿਤ ਐਂਜੀਓਸਪਰਮਾਂ ਦੀ ਭੈਣ ਹੈ। ਉਹਨਾਂ ਦਾ ਡੇਟਾ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ, RNA-Seq ਡੇਟਾ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ, Iso-Seq™ ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਵੱਡੀਆਂ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ, ਨਵੇਂ ਜੀਨ ਸਥਾਨਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ, ਅਤੇ ਜੀਨ ਮਾਡਲ ਸੁਧਾਰਾਂ 'ਤੇ ਬਿਹਤਰ ਰਿਕਵਰੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ। Iso-Seq™ ਡੇਟਾ ਦੇ ਨਾਲ ਹਵਾਲਾ-ਅਧਾਰਿਤ AS ਖੋਜ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ RNA-Seq ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (45.8% ਬਨਾਮ 37.5%) ਲਈ ਨਿਰੀਖਣ ਕੀਤੇ ਗਏ ਬਹੁ-ਐਕਸੌਨਿਕ ਜੀਨਾਂ ਦੇ ਇੱਕ ਉੱਚੇ ਹਿੱਸੇ ਵਿੱਚ AS ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਦੀ ਹੈ। ਇਹ ਡੇਟਾ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ ਕਿ Iso-Seq™ ਪਹੁੰਚ AS ਘਟਨਾਵਾਂ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਉਣ ਲਈ ਉਪਯੋਗੀ ਹੈ। Amborella ਵਿੱਚ Iso-Seq-ਪ੍ਰਭਾਸ਼ਿਤ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਸੰਗ੍ਰਹਿ ਨੂੰ ਇੱਕ ਸੰਦਰਭ ਦੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵਰਤਦੇ ਹੋਏ, ਖੋਜਕਰਤਾਵਾਂ ਨੇ ਇੱਕ ਹਵਾਲਾ ਕ੍ਰਮ (de novo) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੇ ਬਿਨਾਂ PacBio Iso-Seq™ ਤੋਂ AS ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੀ ਖੋਜ ਲਈ ਇੱਕ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਦਾ ਵਰਣਨ ਕੀਤਾ ਹੈ। ਇਸ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਨਤੀਜੇ AS ਘਟਨਾਵਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਵਿੱਚ 66-76% ਸਮੁੱਚੀ ਸਫਲਤਾ ਦਰ ਦਿਖਾਉਂਦੇ ਹਨ। ਇਹ ਡੀ ਨੋਵੋ ਏਐਸ ਖੋਜ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਕਿਸੇ ਵੀ ਗੈਰ-ਮਾਡਲ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਵਿੱਚ ਸਹੀ ਢੰਗ ਨਾਲ ਗੁਣਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਣ ਅਤੇ ਪਛਾਣਨ ਲਈ ਇੱਕ ਢੰਗ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੀ ਹੈ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਘਾਟ ਹੈ। ਇਸ ਲਈ, ਇਸ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਵਿੱਚ ਵਿਸ਼ਾਲ ਸੰਭਾਵੀ ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ ਅਤੇ ਵਿਆਪਕ ਜੀਵ ਵਿਗਿਆਨ ਭਾਈਚਾਰੇ ਲਈ ਲਾਭ ਹਨ।


ਸਾਰ

ਜਦੋਂ ਕਿ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਲੰਬੇ ਨਾਨਕੋਡਿੰਗ RNAs (lncRNAs) mRNAs ਤੋਂ ਵੱਖਰੇ ਦਿਖਾਈ ਦਿੰਦੇ ਹਨ, 5′ ਕੈਪ ਢਾਂਚੇ ਅਤੇ 3′ ਪੌਲੀ(A) ਟੇਲਾਂ ਵਾਲੇ, ਹਾਲ ਹੀ ਦੇ ਕੰਮ ਨੇ ਨਵੇਂ ਫਾਰਮੈਟਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤਾ ਹੈ। ਉਹਨਾਂ ਦੇ 3′ ਸਿਰੇ ਦੀ ਪਰਿਪੱਕਤਾ ਲਈ ਕੈਨੋਨੀਕਲ ਕਲੀਵੇਜ ਅਤੇ ਪੌਲੀਏਡੀਨਿਲੇਸ਼ਨ ਦਾ ਲਾਭ ਲੈਣ ਦੀ ਬਜਾਏ, ਅਜਿਹੇ lncRNAs ਨੂੰ ਕਈ ਹੋਰ ਵਿਧੀਆਂ ਦੁਆਰਾ ਸੰਸਾਧਿਤ ਅਤੇ ਸਥਿਰ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਇੱਕ ਪਰਿਪੱਕ 3′ ਸਿਰੇ ਨੂੰ ਪੈਦਾ ਕਰਨ ਲਈ RNase P ਕਲੀਵੇਜ ਸਮੇਤ, ਜਾਂ ਦੋਵਾਂ 'ਤੇ snoRNP ਕੰਪਲੈਕਸਾਂ ਦੁਆਰਾ ਕੈਪ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਸਿਰੇ, ਜਾਂ ਸਰਕੂਲਰ ਬਣਤਰ ਬਣਾ ਕੇ। ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ, ਅਜਿਹੇ lncRNAs ਨੂੰ ਥਣਧਾਰੀ ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ ਜੀਨ ਐਕਸਪ੍ਰੈਸ਼ਨ ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਵੀ ਸ਼ਾਮਲ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਇੱਥੇ, ਅਸੀਂ ਪੌਲੀ(ਏ) ਪੂਛ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ lncRNAs ਦੇ ਬਾਇਓਜੈਨੇਸਿਸ ਅਤੇ ਫੰਕਸ਼ਨ ਦੀ ਸਾਡੀ ਸਮਝ ਵਿੱਚ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ ਹੋਈ ਪ੍ਰਗਤੀ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।

ਇਹ ਪੇਪਰ ਇੱਕ ਨਿਰਦੇਸ਼ਿਤ ਮੁੱਦੇ ਦਾ ਹਿੱਸਾ ਹੈ ਜਿਸਦਾ ਸਿਰਲੇਖ ਹੈ: ਗੈਰ-ਕੋਡਿੰਗ ਆਰਐਨਏ ਕ੍ਰਾਂਤੀ।


ਨਾਵਲ TREM2 ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਜਿਸ ਵਿੱਚ V-ਸੈੱਟ ਇਮਯੂਨੋਗਲੋਬੂਲਿਨ ਡੋਮੇਨ ਦੀ ਘਾਟ ਹੈ, ਮਨੁੱਖੀ ਦਿਮਾਗ ਵਿੱਚ ਭਰਪੂਰ ਹੈ

ਓਲੇਨਾ ਕੋਰਵਟਸਕਾ, ਮਨੋਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਵਿਵਹਾਰ ਵਿਗਿਆਨ ਵਿਭਾਗ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ, ਸੀਏਟਲ, ਡਬਲਯੂਏ, 98195, ਅਮਰੀਕਾ।

ਇਮਯੂਨੋਲੋਜੀ ਵਿਭਾਗ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ, ਸੀਏਟਲ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ, ਅਮਰੀਕਾ

ਮੈਡੀਸਨ ਵਿਭਾਗ, ਮੈਡੀਕਲ ਜੈਨੇਟਿਕਸ ਵਿਭਾਗ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ, ਸੀਏਟਲ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ, ਯੂ.ਐਸ.ਏ.

ਮੈਡੀਸਨ ਵਿਭਾਗ, ਮੈਡੀਕਲ ਜੈਨੇਟਿਕਸ ਵਿਭਾਗ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ, ਸੀਏਟਲ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ, ਯੂ.ਐਸ.ਏ.

ਮੈਡੀਸਨ ਵਿਭਾਗ, ਮੈਡੀਕਲ ਜੈਨੇਟਿਕਸ ਵਿਭਾਗ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ, ਸੀਏਟਲ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ, ਯੂ.ਐਸ.ਏ.

ਮੈਡੀਸਨ ਵਿਭਾਗ, ਮੈਡੀਕਲ ਜੈਨੇਟਿਕਸ ਵਿਭਾਗ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ, ਸੀਏਟਲ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ, ਯੂ.ਐਸ.ਏ.

ਮੈਡੀਸਨ ਵਿਭਾਗ, ਮੈਡੀਕਲ ਜੈਨੇਟਿਕਸ ਵਿਭਾਗ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ, ਸੀਏਟਲ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ, ਯੂ.ਐਸ.ਏ.

ਮਨੋਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਵਿਵਹਾਰ ਵਿਗਿਆਨ ਵਿਭਾਗ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ, ਸੀਏਟਲ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ, ਅਮਰੀਕਾ

ਮਾਨਸਿਕ ਰੋਗ ਖੋਜ, ਸਿੱਖਿਆ ਅਤੇ ਕਲੀਨਿਕਲ ਕੇਂਦਰ (MIRECC), VA Puget Sound Medical Center, Seattle, Washington, USA

ਜੈਰੀਐਟ੍ਰਿਕ ਰਿਸਰਚ, ਐਜੂਕੇਸ਼ਨ ਐਂਡ ਕਲੀਨਿਕਲ ਸੈਂਟਰ (ਜੀ.ਆਰ.ਈ.ਸੀ.ਸੀ.), ਵੀ.ਏ. ਪੁਗੇਟ ਸਾਊਂਡ ਮੈਡੀਕਲ ਸੈਂਟਰ, ਸੀਏਟਲ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ, ਯੂ.ਐੱਸ.ਏ.

ਮਨੋਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਵਿਵਹਾਰ ਵਿਗਿਆਨ ਵਿਭਾਗ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ, ਸੀਏਟਲ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ, ਅਮਰੀਕਾ

ਓਲੇਨਾ ਕੋਰਵਟਸਕਾ, ਮਨੋਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਵਿਵਹਾਰ ਵਿਗਿਆਨ ਵਿਭਾਗ, ਵਾਸ਼ਿੰਗਟਨ ਯੂਨੀਵਰਸਿਟੀ, ਸੀਏਟਲ, ਡਬਲਯੂ.ਏ., 98195, ਅਮਰੀਕਾ।

ਫੰਡਿੰਗ ਜਾਣਕਾਰੀ: ਨੈਸ਼ਨਲ ਇੰਸਟੀਚਿਊਟ ਆਫ਼ ਹੈਲਥ ਗ੍ਰਾਂਟਾਂ (P30AG013280 ਤੋਂ O.K., 2R01 NS069719 ਤੋਂ W.H.R.) ਮੈਰਿਟ ਸਮੀਖਿਆ ਅਵਾਰਡ ਨੰਬਰ 101 CX001702।

ਸਾਰ

ਮਾਈਲੋਇਡ ਸੈੱਲਾਂ 2 (TREM2) 'ਤੇ ਦਰਸਾਏ ਗਏ ਟ੍ਰਿਗਰਿੰਗ ਰੀਸੈਪਟਰ ਇੱਕ ਇਮਯੂਨੋਗਲੋਬੂਲਿਨ-ਵਰਗੇ ਰੀਸੈਪਟਰ ਹੈ ਜੋ ਕੁਝ ਮਾਈਲੋਇਡ ਸੈੱਲਾਂ ਦੁਆਰਾ ਦਰਸਾਇਆ ਗਿਆ ਹੈ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਮੈਕਰੋਫੈਜ, ਡੈਂਡਰਟਿਕ ਸੈੱਲ, ਓਸਟੀਓਕਲਾਸਟਸ, ਅਤੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਗਲੀਆ। ਦਿਮਾਗ ਵਿੱਚ, TREM2 ਮਾਈਕ੍ਰੋਗਲੀਆ ਦੇ ਇਮਿਊਨ ਫੰਕਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਇਸਦਾ ਨਪੁੰਸਕਤਾ ਮਨੁੱਖਾਂ ਵਿੱਚ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਨਿਊਰੋਡੀਜਨਰੇਟਿਵ ਹਾਲਤਾਂ ਨਾਲ ਜੁੜਿਆ ਹੋਇਆ ਹੈ। TREM2 ਜਾਂ ਇਸਦੇ ਅਡੈਪਟਰ ਪ੍ਰੋਟੀਨ TYROBP ਦਾ ਖਾਤਮਾ ਦਿਮਾਗੀ ਕਮਜ਼ੋਰੀ ਦੀ ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਸ਼ੁਰੂਆਤ ਦੇ ਨਾਲ ਸਕਲੇਰੋਜ਼ਿੰਗ ਲਿਊਕੋਏਂਸਫੈਲੋਪੈਥੀ (ਜਿਸ ਨੂੰ ਨਾਸੂ-ਹਕੋਲਾ ਡਿਸਆਰਡਰ ਵੀ ਕਿਹਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ) ਦੇ ਨਾਲ ਪੋਲੀਸਿਸਟਿਕ ਲਿਪੋਮੇਮਬ੍ਰੈਨਸ ਓਸਟੀਓਡੀਸਪਲੇਸੀਆ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣਦਾ ਹੈ, ਜਦੋਂ ਕਿ TREM2 ਵਿੱਚ ਕੁਝ ਗਲਤ ਰੂਪ ਅਲਜ਼ਾਈਮਰਸ ਬਿਮਾਰੀ ਦੇ ਵਧੇ ਹੋਏ ਜੋਖਮ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਹੋਏ ਹਨ। ਮਨੁੱਖ TREM2 ਜੀਨ ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਦੇ ਅਧੀਨ ਹੈ, ਅਤੇ ਇਸਦੀ ਪ੍ਰਮੁੱਖ, ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਵਾਲੀ ਕੈਨੋਨਿਕ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ 5 ਐਕਸੋਨਸ ਨੂੰ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਦੀ ਹੈ। ਇੱਥੇ, ਅਸੀਂ ਇੱਕ ਨਾਵਲ ਨੂੰ ਵਿਕਲਪਿਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੰਡਿਆ ਹੋਇਆ ਰਿਪੋਰਟ ਕਰਦੇ ਹਾਂ TREM2 ਐਕਸੌਨ 2 (Δe2) ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਆਈਸੋਫਾਰਮ, ਜੋ ਦਾ ਇੱਕ ਵੱਡਾ ਹਿੱਸਾ ਬਣਦਾ ਹੈ TREM2 ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਅਤੇ ਮਨੁੱਖੀ ਦਿਮਾਗ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਪਰਿਵਰਤਨਸ਼ੀਲ ਅੰਤਰ-ਵਿਅਕਤੀਗਤ ਸਮੀਕਰਨ ਹੈ (ਔਸਤ ਬਾਰੰਬਾਰਤਾ 10% ਸੀਮਾ 3.7–35%)। Δe2 ਦੁਆਰਾ ਏਨਕੋਡ ਕੀਤੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਵਿੱਚ ਇਸਦੇ ਬਾਹਰਲੇ ਹਿੱਸੇ ਤੋਂ ਇੱਕ V-ਸੈੱਟ ਇਮਯੂਨੋਗਲੋਬੂਲਿਨ ਡੋਮੇਨ ਦੀ ਘਾਟ ਹੈ ਪਰ ਇਸਦੇ ਟ੍ਰਾਂਸਮੇਮਬਰਨ ਅਤੇ ਸਾਇਟੋਪਲਾਜ਼ਮਿਕ ਡੋਮੇਨ ਨੂੰ ਬਰਕਰਾਰ ਰੱਖਦਾ ਹੈ। ਅਸੀਂ TREM2-ਸਕਾਰਾਤਮਕ THP-1 ਸੈੱਲਾਂ ਵਿੱਚ Δe2 ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਦਾ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਕੀਤਾ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਐਕਸੋਨ 2 ਕੋਡਿੰਗ ਫਰੇਮ ਦੇ CRISPR/Cas9 ਵਿਘਨ ਦੁਆਰਾ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਦੀ ਸਮੀਕਰਨ ਨੂੰ ਰੋਕਿਆ ਗਿਆ ਸੀ। ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ TREM2 ਦੇ ਸਮਾਨ, Δe2 ਨੂੰ ਪਲਾਜ਼ਮਾ ਝਿੱਲੀ ਨਾਲ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ ਅਤੇ ਰੀਸੈਪਟਰ ਸ਼ੈਡਿੰਗ ਦੇ ਅਧੀਨ ਹੈ। "ਐਡ-ਬੈਕ" ਪ੍ਰਯੋਗਾਂ ਵਿੱਚ, Δe2 TREM2 ਨੇ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ TREM2 ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਵਿੱਚ ਐਮੀਲੋਇਡ ਬੀਟਾ ਪੇਪਟਾਈਡ ਦੇ ਫੈਗੋਸਾਈਟੋਸਿਸ ਨੂੰ ਬਹਾਲ ਕਰਨ ਅਤੇ IFN-I ਜਵਾਬ ਨੂੰ ਉਤਸ਼ਾਹਿਤ ਕਰਨ ਦੀ ਸਮਰੱਥਾ ਨੂੰ ਘਟਾ ਦਿੱਤਾ ਸੀ। ਸਾਡੀਆਂ ਖੋਜਾਂ ਤੋਂ ਇਹ ਸੰਕੇਤ ਮਿਲਦਾ ਹੈ ਕਿ ਦੋ ਪਰਸਪਰ ਨਿਵੇਕਲੇ TREM2 isoforms ਦੇ ਸੰਤੁਲਨ ਵਿੱਚ ਤਬਦੀਲੀਆਂ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਦੀ ਖੁਰਾਕ ਨੂੰ ਸੰਸ਼ੋਧਿਤ ਕਰ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ ਜੋ ਮਨੁੱਖੀ ਦਿਮਾਗ ਵਿੱਚ ਕੁਝ TREM2 ਰੀਸੈਪਟਰ ਫੰਕਸ਼ਨਾਂ ਨੂੰ ਸੰਭਾਵੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਕਮਜ਼ੋਰ ਕਰ ਸਕਦੀਆਂ ਹਨ।

ਸਾਰਣੀ S1. ਅਧਿਐਨ ਦੇ ਵਿਸ਼ਿਆਂ ਦੀਆਂ ਕਲੀਨਿਕਲ ਅਤੇ ਨਿਊਰੋਪੈਥੋਲੋਜੀਕਲ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ.

ਪੂਰਕ Fig.S1. ਕੈਨੋਨੀਕਲ ਪੂਰੀ ਲੰਬਾਈ ਦਾ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਅਤੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਕ੍ਰਮ ਅਤੇ De2 TREM2 isoforms।

ਪੂਰਕ Fig.S2. THP-1 ਸੈੱਲਾਂ ਦੁਆਰਾ pHrodo-ਲੇਬਲ ਵਾਲੇ ਐਮੀਲੋਇਡ ਬੀਟਾ (Ab) ਪੇਪਟਾਇਡ ਦੇ ਫੈਗੋਸਾਈਟੋਸਿਸ ਲਈ ਫਲੋ ਸਾਇਟੋਮੈਟਰੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸੈਟਿੰਗਾਂ।

ਪੂਰਕ ਚਿੱਤਰ S3. ਪੋਲੀ(I:C) + IFNb ਦੇ ਨਾਲ TREM2 KO THP-1 ਮੈਕਰੋਫੈਜ ਦੇ ਉਤੇਜਨਾ ਤੋਂ ਬਾਅਦ IFN I ਦਸਤਖਤ ਜੀਨਾਂ IFIH1 ਅਤੇ IRF7 ਦਾ ਪ੍ਰਗਟਾਵਾ।

ਕਿਰਪਾ ਕਰਕੇ ਨੋਟ ਕਰੋ: ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਕ ਲੇਖਕਾਂ ਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੀ ਗਈ ਕਿਸੇ ਵੀ ਸਹਾਇਕ ਜਾਣਕਾਰੀ ਦੀ ਸਮੱਗਰੀ ਜਾਂ ਕਾਰਜਕੁਸ਼ਲਤਾ ਲਈ ਜ਼ਿੰਮੇਵਾਰ ਨਹੀਂ ਹੈ। ਕੋਈ ਵੀ ਸਵਾਲ (ਗੁੰਮ ਸਮੱਗਰੀ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ) ਲੇਖ ਲਈ ਸੰਬੰਧਿਤ ਲੇਖਕ ਨੂੰ ਨਿਰਦੇਸ਼ਿਤ ਕੀਤਾ ਜਾਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ।